Szerokie zastosowanie drewna cisowego do produkcji urządzeń obronnych, łuków, mebli i naczyń, a także wysoka cena osiągana na szlakach handlowych sprawiły, że był on w przeszłości mocno eksploatowany. Dodatkowym problemem były panujące przesądy, wierzenia i tradycje ludowe, które zawsze łączyły się z jego intensywnym niszczeniem i wycinaniem. Wszystko to sprawiło, że cis pospolity stał się w Polsce gatunkiem rzadkim.

Cechą charakterystyczną cisów pospolitych, odróżniającą od gatunków i odmian spotykanych w ogrodach, jest drzewiasty pokrój.

Bierna ochrona cisa pospolitego opierająca się wyłącznie na naturalnych procesach przyrodniczych w silnie zniekształconym przez człowieka środowisku okazała się niewystarczająca. Wolno rosnące cisy wypierane są przez inne drzewa i krzewy, problemem jest także brak naturalnie pojawiających się siewek. Wszystko to sprawia, że obserwujemy stopniowe zanikanie tego gatunku. W ramach „Programu ochrony i restytucji cisa pospolitego (Taxus baccata) w Polsce” zostały podjęte kompleksowe działania mające na celu zwiększenie liczebności populacji tego gatunku. Objęły one inwentaryzację istniejących zasobów, wybór populacji do produkcji materiału sadzeniowego oraz stopniowe odtwarzanie gatunku w ekosystemach leśnych.
W Nadleśnictwie Drygały realizowany jest ostatni punkt ochrony programu – reintrodukcja. Są to działania zmierzające do ponownego wprowadzenia gatunku na obszar, na którym został wytępiony lub wyginął. W lasach nadleśnictwa od 2017 roku posadzono ok. 3000 sadzonek cisa na terenie pięciu leśnictw. Powierzchnie, na których je wprowadzono są na bieżąco monitorowane oraz podejmowane są  wszelkie działania pielęgnacyjno-ochronne, aby utrzymać ten gatunek w jak najlepszej kondycji zdrowotnej.